化学方法最常用的就是生石灰清塘。生石灰遇水后发生化学反应，中和淤泥中的各种有机酸，起到消毒杀菌、改善底质和水质的作用。其中带水清塘一般是在总碱度、总硬度及pH值都偏低的池塘；而池水和底质中钙离子浓度较大、碱度较高，则不必施生石灰。除生石灰外．还可选用化学复合型底质改良剂。如主要成分为硫酸氢钾的白色大片状“底速净”，投入水中能迅速增氧，降低水中的氨氮、亚硝酸盐、硫化物的含量，促使有机质的完全分解，建议使用量为150～200克/亩(1米水深)。目前，一种新型亚硝酸根离子去除剂――中意分解底改，具有降解池水中亚硝酸态氮及氨态氮、螯合池水中有机物、消除池水及池底中所含重金属离子污染等作用，可用做池塘土壤改良剂、底质改良剂及底质活化剂。推荐使用量为0.3克/米3。

3.生物法

应用现代生物工程技术，干预池塘底泥理化因子相、微生物相和水体藻相。采用向池塘生态体系中补充微量营养――聚能100、有益藻源――活力藻种及生物底改产品――“底改霸王”等措施对池塘底泥和养殖生境进行生态修复，使池底有机沉积物减少，富氧层加厚，缺氧层减薄，阻隔下层黑臭底泥有毒物质释放。强化底泥好氧微生物对池塘残饵粪便等有机污染物的分解能力，强化池塘生态系统物质循环和能量循环的动力和速度。