肉豆蔻味辛、苦，性温，有小毒，归脾、胃、大肠经。具有温中涩肠、行气消食、镇静安神的功效，主治虚泻、冷痢、脘腹胀痛、食少呕吐、宿食不消等症。
1.温中行气
肉豆蔻辛香温燥，能温中理脾、行气止痛。与木香、干姜、半夏等药同用，可用于治疗胃寒气滞、脘腹胀痛、食少呕吐等症。
2.涩肠止泻
肉豆蔻辛温而涩，入中焦，能暖脾胃，固大肠，止泻痢，为治疗虚寒性泻痢之要药。可用于治疗脾胃虚寒之久泻、久痢，常与干姜、白术、人参等药同用。
3.开胃消食
肉豆蔻中含有挥发油，能够促进胃液的分泌及胃肠蠕动，有开胃、促进食欲、消胀止痛的功效，但是需要适量服用，大量服用时则有抑制作用。
4.抑菌抗炎
肉豆蔻中挥发油的萜类成分对细菌和霉菌均有抑制作用，其中甲基异丁香酚对金黄色葡萄球菌和肺炎双球菌有抑制作用，马拉巴酮B对金黄色葡萄球菌、枯草杆菌和坚忍链球菌有较强的抑菌作用，且肉豆蔻中含有的肉豆蔻醚有抗炎的作用。
5.镇静安神
肉豆蔻挥发油中所含的甲基异丁香酚有抑制中枢神经作用，能够延长睡眠时间，特别是深睡眠时间，甲基异丁香酚注射液还可产生麻醉作用。
